Alors le président tchadien Idriss Déby envisage de gracier les six Français condamnés dans le cadre de l’affaire de l’Arche de Zoé, Eric Breteau a été mis en examen par le justice française pour « aide au séjour irrégulier de mineurs étrangers en France », « exercice illégal de l'activité d'intermédiaire en vue d'adoption » et « escroquerie ».
Des six membres de l'Arche de Zoé condamnés au Tchad à huit ans de travaux forcés, peine transformée en France en huit ans de prison, le président de l’association est le seul à ne pas avoir été entendu dans le cadre de l'enquête française, en raison de son état de santé.
Il a été placé sous contrôle judiciaire, conformément aux réquisitions du parquet, avec interdiction de quitter la France et de rencontrer les autres membres de l'association mis en examen et les témoins assistés.
Deux membres de l'association, Emilie Lelouch et Philippe van Winkelberg, avaient déjà été mis en examen le 10 janvier pour « aide au séjour irrégulier de mineurs étrangers en France », « exercice illicite d'intermédiaire en vue de l'adoption ou d'un placement d'un enfant » et « escroquerie ». La veille, Alain Péligat, le logisticien du groupe, avait été mis en examen pour « aide au séjour irrégulier de mineurs étrangers en France ». Dominique Aubry, pompier, Nadia Mérimi, infirmière, ont été entendus comme témoins assistés sur des faits d'aide au séjour irrégulier.
